Constitués par le comité de pilotage, les groupes de travail ont un rôle d'élaboration technique et scientifique, au plus près du terrain. Ce sont des instances de réflexion qui n'ont pas de pouvoir décisionnel. Ils soumettent des propositions au comité de pilotage qui est la seule instance habilitée à valider les propositions. Sur le site Natura 2000 "Rade de Lorient", les groupes de travail sont organisés par entité de gestion :
- Comité de suivi du Marais de Pen mané : ce comité de suivi à pour objectif de suivre et d'adapter la gestion réalisée sur le marais de Pen Mané au vue des orientations du plan de gestion et des résultats des études scientifiques. Il se réunit parfois sous sa forme restreinte composée de la Commune de Locmiquélic, gestionnaire, du Consservatoire du littoral, affectataire des terrains et de Lorient Agglomération, opérateur local Natura 2000. Une fois par an, le comité se réunit sous sa forme élargie aux acteurs concernés par la gestion du site : association Bretagne Vivante, observatoire du plancton, association de chasse maritime...
- Groupe de travail concernant la Petite Mer de Gâvres : ce groupe de travail a pour objectif d'échanger pour rendre compatible préservation des oiseaux hivernants et pratique des activités humaines. Il a été complété par un groupe de travail scientifique qui s'est réunit autour des questions de protocoles de suivis.
- Comité de pilotage des Étangs de Kervran et Kerzine : ce comité de pilotage animé par le Syndicat Mixte Grand Site Dunaire Gâvres Quidebron a pour objectifs de mettre tous les acteurs de la gestion du site autour de la table pour concilier enjeux écologique de conservation des habitats et des espèces des deux directives européennes et les activités humaines pratiquées sur le site.