Le marais de Pen Mané est inclus dans le domaine du port d’intérêt national de Lorient. Depuis le 1er janvier 2007, la Région Bretagne est devenue propriétaire de la zone portuaire par convention signée avec l’Etat. Par délibération du 25 septembre 2003, le Conseil d’Administration du Conservatoire du Littoral a approuvé une zone d’intervention foncière sur le littoral de la Commune de Locmiquélic qui inclut le site nommé « Rives du Blavet ». Ce site est constitué d’un ensemble de marais littoraux dont les 65 Ha de Domaine Public Maritime (DPM) du marais de Pen Mané. Une convention de superposition d'affectation, au profit du Conservatoire du Littoral, a été signée le 17 décembre 2009.
Par convention du 15 mars 2007, le Conservatoire du littoral a confié à Cap l’Orient agglomération, la coordination de la gestion des sites localisés sur son territoire de compétence. Le Conservatoire du Littoral prévoit que la gestion courante de ses sites puisse être confiée à un gestionnaire particulier. Le marais de Pen Mané fait partie intégrante de ce dispositif. Dans une convention particulière de gestion, Cap l'Orient agglomération et le Conservatoire du littoral confient la gestion du marais à la Commune de Locmiquélic.
Certaines actions prévues dans le document d’objectifs du site Natura 2000 « Rade de Lorient » peuvent donc être réalisées sous maîtrise d’ouvrage de la Commune de Locmiquélic.
L’Etat et l’Europe financent certaines actions prévues dans les documents d’objectifs des sites Natura 2000 grâce à un dispositif financier appelé contrat Natura 2000.
Le marais de Pen mané est dans le site Natura 2000 « Rade de Lorient » pour lequel Cap l'Orient agglomération est opérateur local. Le document d’objectifs a été approuvé le 22 février 2007.
Le site de Pen Mané était une ancienne vasière qui a été endiguée en 1976 pour y déposer les sédiments issus du dragage du chenal d’accès au Port du Rohu. Progressivement, des plantes pionnières ont colonisé cet espace vierge, puis elles ont été elles-mêmes remplacées par des plantes de plus grande taille. Le développement des roseaux s’est accentué et une végétation arborée a commencé à s’installer.
Sans intervention humaine, le niveau du marais et la densité de la végétation augmentent naturellement asséchant progressivement la zone humide et entrainant une dégradation des habitats d’oiseaux d’intérêt européen.
La vocation principale de ce site est la reproduction. Deux types de milieux sont essentiels sur Pen Mané : la roselière et les prairies subhalophiles. La qualité du site dépend également de la qualité et de la quantité de nourriture à disposition des oiseaux. L’ouest de la lagune est particulièrement riche d’un point de vue trophique. Les tadornes et les foulques viennent s’y reproduire.
La roselière est le lieu de nidification d’un grand nombre de passereaux paludicoles (Phragmites, cisticoles, gorgebleues), pour la poule d’eau, le râle d’eau. Notamment, le site de Pen Mané correspond à la limite ouest de reproduction du gorgebleue à miroir.
Les prairies subhalophiles en mosaïque avec des zones de vases dénuées sont des sites de reproduction pour le vanneau huppé, l’échasse blanche, l’avocette, la bergeronnette de printemps. Les limicoles se nourrissent dans la vase qui doit être molle pour que leurs becs puissent s’enfoncer. De plus, les jeunes ont un bec assez court et doivent pouvoir se nourrir à proximité du nid dans des secteurs ou le niveau d’eau est faible.
Le site est intéressant pour la migration postnuptiale du phragmite aquatique, de la spatule blanche et pour l’aigrette garzette. Le site a également un intérêt pour l’hivernage de certaines espèces comme la bécassine des marais et le butor étoilé menacés à l’échelle nationale.
Les exigences principales de la majorité des espèces sont les suivantes :
- Des niveaux d’eau : hauts en hiver et relativement hauts jusqu’à fin mai début juin ; baissant à partir de juin ; bas d’août à octobre mais avec des pièces d’eau libre ; remontant naturellement en novembre,
- Une bonne qualité de l’eau,
- Une diversité de milieux naturels ouverts (ex : végétation rase à salicornes) et fermés (ex : roselière, saulaies…),
- De la tranquillité, notamment pour la reproduction.
Le programme de gestion suivant est prévu dans le document d’objectifs pour restaurer et maintenir en bon état de conservation les habitats et les populations d’oiseaux d’intérêt communautaire :
- Gestion des niveaux d’eau et entretien des ouvrages de petites hydrauliques,
- Fauche avec exportation de la roselière,
- Curage pour l’entretien des canaux,
- Limitation des espèces invasives et du saule,
- Maîtrise de la fréquentation.
Il se déroulera sur 5 ans (2011-2015) et pourra être reconduit au bout des 5 années. Des suivis écologiques permettront d’évaluer les actions menées et d’ajuster le plan de gestion. L’ensemble des actions proposées sont éligibles à un financement par Contrat Natura 2000, car elles sont prévues dans les fiches actions du document d’objectifs du site « Rade de Lorient ».
Une partie des actions prévues dans le contrat Natura 2000 seront réalisées en régie par le garde gestionnaire du marais de Pen Mané qui est employé par la Communauté de Commune de Blavet Bellevue Océan et mis à disposition de la commune de Locmiquélic à 10 % de son temps de travail dans le cadre d’une convention.