La biodiversité est une notion essentielle dans la comprehension du processus Natura 2000.
La diversité biologique se « mesure » par la variété des espèces différentes vivant dans une même zone.
Si une seule espèce accapare un milieu naturel, cela n’a que peu d’intérêt. On a plutôt tendance à diversifier au maximum. C’est un peu comme le nombre de fleurs différentes poussant dans un jardin : plus il y a de diversité, mieux c’est. (Voir pourquoi.)
Deux termes sont également souvent associés à la biodiversité : rareté et abondance.